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밀러의실험에서한가지고려해야할것은환원성기체혼합물을사용하였다는점이다.즉,이들기체중에산소분자는없었다.산소는오늘날몇종류의생물체만을제외하고는모든생물체가필요로하는물질이기때문에초기대기중에산소가없었다는추정은주목할만하다.원시지구의대기에산소가없었다면최초의생명체는산소가없이살아야만했을것이다.산소는화학적으로반응성이큰기체이므로산소가존재했다면메테인이나암모니아와같이수소와결합하여환원된물질이자연적으로생성될수없었을것이다.유기물은생명체의구성에필수적인물질이며동시에먹이가되기때문에오늘날처럼산소가풍부한대기라면생명체의진화를방해했을것으로추정되었다.이처럼원시대기가환원성기체혼합물로이루어졌다는가정하에서는밀러의실험에대한정당성이입증될수있다.그러나원시지구의대기가실제로환원성이아닐수도있다는반론도있다.최근의연구결과,원시대기에탄화수소의산화물인이산화탄소와암모니아가산화된형태인질소분자들이포함되어있었을것으로추정되었다.또밀러의실험처럼에너지원으로써번개가그렇게자주쳤을것같지않다고한다.그러므로원시대기에서일어난일에대해서과학적인근거들과이론은아직열띤논쟁중에있는것을알수있다.밀러의실험에서일어난일들을하나의식으로나타낼수있는것처럼화학반응을기술하는가장명확하고간단한방법인화학반응식에대하여자세히알아보자.간단한예로,수소와산소분자들이서로반응하면물분자가형성될수있는데,이를분자모형으로나타낼수있다.그런데모형을보면화학반응의전과후를구분하는화살표앞과뒤의수소원자와산소원자의개수가서로맞지않는다.즉,반응전에는수소원자와산소원자가각각2개였는데,반응후를보면수소원자는2개이지만산소원자가1개뿐이다.이러한불균형을맞춰주기위해서분자모형을다시그려보면화학반응을일일이모형으로표현하는것은어려우므로누구나쉽게이해할수있도록기호와숫자로구성된식으로나타내보자.수소분자H22개가산소분자O21개와반응하면물분자H2O2개가형성되는것을식으로정리해보면,2H2+O2→2H2O로나타낼수있다.이처럼반응에참여하는물질들과이들의양적관계를기호와숫자로표현한식을화학반응식이라고한다.그러면탄소와수소분자가반응하여메테인이생성되는것을예로들어화학반응식을만드는절차를알아보자.또 다른예로,질소기체와수소기체사이에서암모니아가형성되는것을화학반응식으로나타내면다음과같다.N2+3H2→2NH3이식은1개의질소분자가3개의수소분자와반응하여2개의암모니아분자가형성된다는것을의미한다.오늘날생명체는생명을유지하고생장및생식을위해끊임없이에너지와물질을필요로하는데,이때필요한에너지와물질의전환은단백질의촉매작용을통해이루어진다.또한생명체는정보를저장하고,다음세대로정보를전달하기위한유전물질로핵산을이용한다.그러면원시바다에서단순한유기물로부터단백질과핵산같은고분자유기물이어떻게합성될수있었는지알아보자.과학자들은아미노산의중합반응이뜨겁고건조한화산의가장자리나뜨거운원시바다에서쉽게일어날수있었을것이라고설명하였다.즉,풍부한아미노산이증발에의해농축되고가열되어효소의도움없이폴리펩타이드가형성된다는것이다.실제로과학자들은뜨겁고건조한조건에서200개의아미노산으로이루어진단백질을만드는데성공함으로써이과정을입증하였다.그리고이러한과정을통해합성한폴리펩타이드를프로테노이드라고불렀다.이렇게형성된프로테노이드는단백질분자의전단계라고할수있고,아미노산사이의반응에서펩타이드결합이계속해서이어지면결과적으로단백질이형성되는것이다.즉,이렇게결합반응에의해크고복잡한분자가형성된후이들이스스로입체구조를형성하여신체의구성성분이나물질대사를촉매하는효소등생명체에필요한일을담당하였다.